Zgodnie ze Statutem Muzeum:
Nadzór i zarządzanie Muzeum

§ 9
Ogólny nadzór nad Muzeum sprawuje Minister Kultury, a bezpośredni Rada Miasta Limanowa.

§ 10
1. Przy Muzeum działa Rada Muzeum, której członków powołuje i odwołuje Rada Miasta Limanowa.
2. Rada Muzeum działa w zakresie określonym w art. 11 ustawy o muzeach.
3. Rada Muzeum składa się z 7 osób.

§ 11
Muzeum zarządzane jest przez dyrektora, którego powołuje i odwołuje Zarząd Miasta Limanowa na zasadach i w trybie przewidzianym w obowiązujących przepisach.

§ 12
1. Dyrektor zarządza całokształtem działalności Muzeum, czuwa nad mieniem Muzeum i jest za nie odpowiedzialny.
2. Do zakresu działania dyrektora Muzeum należy w szczególności:
1/ ogólne kierownictwo w sprawach działalności podstawowej i administracyjnej,
2/ ogólny nadzór nad zbiorami i ich ewidencjonowaniem oraz nad majątkiem muzeum,
3/ reprezentowanie Muzeum na zewnątrz,
4/ przedstawianie właściwym instytucjom i organizatorowi planów rzeczowych i finansowych, sprawozdań oraz wniosków inwestycyjnych,
5/ naczelna redakcja wydawnictw muzealnych,
6/ wydawanie w obowiązującym trybie regulaminów i zarządzeń,
7/ sprawowanie celnego nadzoru nad kontrolą wewnętrzną,
8/ zawieranie i rozwiązywanie umów o pracę z pracownikami Muzeum oraz podejmowanie decyzji wynikających ze stosunku pracy.