Do zakończenia I wojny światowej dzieci z Cholerzyna musiały uczęszczać do Szkoły w Morawicy ,gdyż  Szkoła w Cholerzynie powstała dopiero po roku 1918. Była to placówka 6-klasowa, 2-izbowa. Jej I kierownikiem był Józef Elgiet, oprócz niego zatrudniano też księdza i nauczycielkę.

W czasie II wojny światowej budynek i wyposażenie Szkoły uległy znacznemu zniszczeniu, zaginęły też prawie wszystkie dokumenty szkolne.

9 marca 1945r. po wykonaniu najpilniejszych prac remontowych przez miejscowe ekipy, dwie nauczycielki: Janina Gorączko i Barbara Rutkowska rozpoczęły nauczanie dzieci.

Od 1 stycznia 1946r. kierownictwo Szkoły objął Jarosław Dymanus- liczba uczniów wynosiła wówczas 96 osób.

Od 1 września 1959r. aż do roku 1997, czyli przez 38 lat, Szkołą w Cholerzynie kierował mgr Józef Zieliński. Za jego kadencji wybudowano w 1964r. nowy budynek szkolny, który służy społeczności Cholerzyna do chwili obecnej, ciągle udoskonalany.

W 1994r. dobudowano salę gimnastyczną z zapleczem, co znacznie poprawiło warunki lokalowe placówki. Zarówno budowa, jak i rozbudowa Szkoły odbywała się dzięki dużemu zaangażowaniu miejscowego społeczeństwa. W 1999r. w wyniku reformy oświaty dokonano zmiany obwodów szkolnych. I tak dzieci z Budzynia przeniesiono do Szkoły w Kryspinowie, a dzieci z Mnikowa dołączono do Szkoły w Cholerzynie. Szkołę Podstawową w Mnikowie istniejącą tam od 1876r. zamknięto, w zamian otwierając w dawnym budynku szkolnym Gimnazjum dla uczniów z okolicznych miejscowości . Uczniów klas O-VI z Mnikowa przeniesiono do Szkoły Podstawowej w Cholerzynie z filią w Mnikowie, z tym że dzieci z klas 0-III uczęszczają do powstałej filii w Mnikowie. Uczniowie klas IV-VI z Mnikowa są dowożeni do Cholerzyna autobusem szkolnym.

Obecnie od 1997r. Szkołą w Cholerzynie kieruje mgr Maria Gałek, zaś filią w Mnikowie mgr Maria Rachwalik. Szkoła- znów dzięki aktywności Rady Sołeckiej i Wspólnoty Wiejskiej stoi w przededniu remontu dachu.

Obecnie do Szkoły uczęszcza łącznie do klas 0-VI 189 uczniów.