Gimnazjum nr 3  zostało powołane do życia 10 kwietnia 2000 r. uchwałą Nr 174/XXII/2000 Rady Miejskiej w Myślenicach. Obwód szkoły obejmuje ulice: Mostowa. Krótka. Zdrojowa, Modrzewiowa, Spacerowa, Kwiatowa, Szkolna, Parkowa, Zacisze, Zielona, Wczasowa, Zamkowa, Łąkowa, Bukowa, Spokojna, Lipowa, Źródlana, Malinowa, Sosnowa, Leśna, Górna, Jodłowa, Stroma i przysiółek Chełm oraz miejscowości: Borzęta, Droginia i Osieczany   

30 września 2002 r uchwałą Rady Miejskiej Nr 379/XLVII/2002 zmieniono Uchwałę Nr 174/XXII/2000 zmieniając w niej § 2. Otrzymał on brzmienie: „Gimnazjum nr 3 mieści się w budynku przy ul. Zdrojowej Nr „16a” w Myślenicach.

W roku szkolnym 2005/2006 zapadła decyzja tutejszej społeczności, aby Patronem szkoły został Marszałek Józef Piłsudski. 28 kwietnia 2006r. Rada Miejska w Myślenicach Uchwałą Nr 324/XLVIII/2006 wydała Akt nadania Gimnazjum nr 3 w Myśłenicach imienia Marsz. Józefa Piłsudskiego. 4 czerwca 2006 odbyły się uroczystości z tym związane.