Wojewódzki Inspektorat Państwowej Inspekcji Ochrony Roślin i Nasiennictwa w Krakowie jest jednostką budżetową Skarbu Państwa wchodzącą w skład wojewódzkiej administracji zespolonej. Zadania administracji zespolonej wykonuje Wojewoda i działający pod jego zwierzchnictwem kierownicy zespolonych służb, inspekcji i straży.
W imieniu Wojewody Małopolskiego, właściwe zadania ustawowe realizuje Małopolski Wojewódzki Inspektor Ochrony Roślin i Nasiennictwa, który jest dysponentem III stopnia środków budżetowych.
Wojewódzki Inspektorat Ochrony Roślin i Nasiennictwa w Krakowie działa na podstawie:

• ustawy z  dnia 18 grudnia 2003 roku o ochronie roślin (Tekst jednolity: Dz. U. z 2008r. Nr 133, poz. 849).   
• ustawy z dnia 26 czerwca 2003 roku o nasiennictwie (Dz. U. z 2007r. Nr 41, poz. 271 z póź. zm.).
• ustawy o wojewodzie i administracji rządowej w województwie z dnia 23 stycznia 2009 roku (Dz. U. z 2009r. Nr 31, poz. 206).
• Rozporządzenia Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi z dnia 3 czerwca 2004 roku w sprawie organizacji Państwowej Inspekcji Ochrony Roślin i Nasiennictwa oraz legitymacji służbowej pracowników tej Inspekcji
  (Dz. U. Nr 142, poz. 1510 z  2004r.).
• Regulaminu Organizacyjnego Wojewódzkiego Inspektoratu Ochrony Roślin i Nasiennictwa w Krakowie zatwierdzonego przez Wojewodę Małopolskiego w dniu 18 września 2009 r.