Wojewódzka Stacja Sanitarno-Epidemiologiczna w Krakowie powstała w 1952 roku na bazie krakowskiej filii Państwowego Zakładu Higieny. Na jej czele stanął dr Mieczysław Bilek, który pełnił swoje obowiązki przez kolejne 28 lat. Dzięki jego działalności, WSSE w Krakowie szybko stała się Stacją uważaną za wzorcową w całej Polsce. Przyjeżdżali tu pracownicy innych stacji, aby poznawać wprowadzone rozwiązania organizacyjne i naukowe. 
     Dzisiaj, działalność Wojewódzkiej Stacji Sanitarno-Epidemiologicznej w Krakowie, prowadzona jest w ramach Działu Nadzoru Sanitarnego oraz Działu Zdrowia Publicznego i Promocji Zdrowia, które wykonują zadania nadzorowe i informacyjne w zakresie określonym Ustawią o Państwowej Inspekcji Sanitarnej. W skład Działu Nadzoru Sanitarnego wchodzi siedem Oddziałów Nadzoru, w tym: Oddział Nadzoru Higieny Komunalnej, Oddział Nadzoru Higieny Żywności, Żywienia i Przedmiotów Użytku, Oddział Nadzoru Higieny Pracy, Oddział Nadzoru Higieny Radiacyjnej, Oddział Nadzoru Epidemiologii, Oddział Zapobiegawczego Nadzoru Sanitarnego oraz Oddział Statystyki, Planowania i Analiz. Z kolei Dział Zdrowia Publicznego i Promocji Zdrowia, składa się z Oddziału Higieny Dzieci i Młodzieży, który pełni funkcje nadzorowe oraz Oddziału Oświaty Zdrowotnej i Promocji Zdrowia, którego  zadaniem jest popularyzowanie wiedzy na temat zdrowego stylu życia i zachowań prozdrowotnych w naszym społeczeństwie. 
   Drugim obszarem działalności WSSE jest Dział Laboratoryjny, gdzie wykonywane są badania w laboratoriach: Mikrobiologii i Parazytologii, Analiz Instrumentalnych, Higieny Komunalnej, Higieny Żywności i Żywienia, Higieny Pracy, Higieny Radiacyjnej oraz Pożywek.
      Taka organizacja pracy WSSE umożliwia oddziałom sprawującym funkcje nadzorowenie nie tylko szybkie reagowanie na powstające zagrożenia, ale również zapewnia niezależność wykonywanych badań. Sprawne i kompetentne wykonywanie naszych zadań zapewniają prawno-administracyjne jednostki organizacyjne WSSE.
    WSSE w Krakowie, wraz z 19 powiatowymi stacjami sanitarno – epidemiologicznymi znajdującymi się na terenie Małopolski działa w oparciu o ustawę z dnia 14 marca 1985r. o Państwowej Inspekcji Sanitarnej (tekst jednolity: Dz. U. z 2011 r. Nr 212, poz. 1263).
     Organem Państwowej Inspekcji Sanitarnej na terenie województwa małopolskiego jest Małopolski Państwowy Wojewódzki Inspektor Sanitarny, który jest równocześnie Dyrektorem Wojewódzkiej Stacji Sanitarno-Epidemiologicznej. 

Poniżej przedstawiamy Państwu pierwsze akty na podstawie, których Wojewódzka Stacja została powołana do życia:

1. Uchwała Nr 27/52 Prezydium Rządu z dnia 2 lutego 1952 roku;
2. Instrukcja Nr 45/52 Ministra Zdrowia z dnia 21 kwietnia 1952 r. (Nr E. 1011/52).
3. Dekret z dnia 14 sierpnia 1954 roku o Państwowej Inspekcji Sanitarnej.