Archiwum Państwowe w Krakowie działa na podstawie Ustawy z dnia 14 lipca 1983 roku o narodowym zasobie archiwalnym i archiwach oraz na podstawie, nadanego przez Naczelnego Dyrektora Archiwów Państwowych, statutu.

Archiwum podlega Naczelnemu Dyrektorowi Archiwów Państwowych, który jest centralnym organem administracji rządowej w sprawach państwowego zasobu archiwalnego.