Strukturę organizacyjną Archiwum Państwowego określa Statut oraz Regulamin organizacyjny. 

STRUKTURA ORGANIZACYJNA

ARCHIWUM PAŃSTWOWEGO W KRAKOWIE

Oddział I – akt staropolskich grodzkich i ziemskich, archiwów rodów i rodzin, kolekcji i zbiorów,

Oddział II – akt administracji państwowej ogólnej i specjalnej, sądownictwa z XIX i XX w.,

Oddział III – akt miasta Krakowa, samorządu terytorialnego, wyznaniowych, szkół i organizacji społecznych,

Oddział IV – akt najnowszych wytworzonych po 1945 roku oraz akt jednostek gospodarczych z XIX i XX w.,

Oddział V – materiałów kartograficznych i dokumentacji technicznej,

Oddział VI – nadzoru nad narastającym zasobem archiwalnym,

Oddział VII – ewidencji i popularyzacji zasobu archiwalnego,

Oddział VIII – ds. organizacyjnych i administracyjnych,

Oddział IX - konserwacji i zabezpieczania zasobu archiwalnego

Dział Finansowo-Księgowy

Archiwum Państwowe w Krakowie, Oddział w Nowym Sączu

Archiwum Państwowe w Krakowie, Oddział w Tarnowie

Archiwum Państwowe w Krakowie, Eklspozytura w Nowym Targu

Archiwum Państwowe w Krakowie, Ekspozytura w Spytkowicach