Organizację Izby Skarbowej określa regulamin organizacyjny Izby Skarbowej w Krakowie nadany przez Dyrektora Izby Skarbowej na podstawie Zarządzenia nr 39 Ministra Finansów z dnia 21 września 2010 r. w sprawie organizacji urzędów i izb skarbowych oraz nadania im statutów (Dz.Urz.MF Nr 10,  poz. 45).

Podstawowymi komórkami organizacyjnymi Izby Skarbowej są:

• wydziały - zatrudniające conajmniej 20 pracowników,  włącznie z naczelnikiem wydziału ,
• samodzielne oddziały zatrudniające conajmniej 10 pracowników, włącznie z kierownikiem samodzielnego oddziału
• oddziały stanowiace komórki organizacyjne wydzielone w ramach wydziałów zatrudniające conajmniej 10 pracowników, z kierownikiem oddziału włącznie,
• samodzielne referaty zatrudniające conajmniej 5 pracowników z kierownikiem referatu włącznie,
• referaty zatrudniające conajmniej 5 pracowników,  włącznie z kierownikiem referatu ,
• wieloosobowe stanowiska pracy zatrudniające conajmniej 2 pracowników,  włącznie z kierującym stanowiskiem,
• jednoosobowe stanowiska pracy.

Na czele Izby Skarbowej stoi Dyrektor powoływany i odwoływany z tej funkcji przez Ministra Finansów. Kieruje on pracą Izby za pośrednictwem Wicedyrektorów, których powołuje i odwołuje Minister Finansów na wniosek Dyrektora Izby Skarbowej. Naczelnicy wydziałów i kierownicy samodzielnych komórek organizacyjnych, kierują ich pracami na podstawie przyznanych uprawnień, w ramach kompetencji nadanych poszczególnym pionom organizacyjnym Izby Skarbowej.

Szczegółowe kompetencje przypisane do określonych funkcji, znajdujących się w strukturze organizacyjnej Izby Skarbowej, określa regulamin organizacyjny Izby Skarbowej w Krakowie.