Organizację Izby Celnej w Krakowie określa regulamin nadany przez Dyrektora Izby Celnej w Krakowie (Decyzja 12/IOSW/2012 Dyrektora Izby Celnej w Krakowie z dnia 1 lutego 2012 r. w sprawie nadania Regulaminu Organizacyjnego Izbie Celnej w Krakowie Na czele izby celnej stoi dyrektor powoływany i odwoływany z tej funkcji przez ministra finansów. Dyrektor odpowiedzialny jest za prawidłową i terminową realizację zadań izby i podległych urzędów celnych przed ministrem właściwym do spraw finansów publicznych. Dyrektor wykonuje zadania przy pomocy zastępców, głównego księgowego, naczelników wydziałów, kierowników referatów  i innych funkcjonariuszy celnych  zatrudnionych na samodzielnych  stanowiskach pracy.

Podstawowymi komórkami organizacyjnymi izby celnej podlegającymi bezpośrednio dyrektorowi, jego zastępcom lub głównemu księgowemu są: wydziały, referaty, wieloosobowe stanowiska pracy oraz jednoosobowe stanowiska pracy. 
 
Szczegółowe kompetencje przypisane do określonych komórek organizacyjnych znajdujących się w strukturze organizacyjnej Izby Celnej w Krakowie określa regulamin organizacyjny.
Kontrole funkcjonalne przeprowadzone w Izbie Celnej w Krakowie. (dokumentacja z przedmiotowych kontroli udostępniana na wniosek)