Dyrektor izby celnej oraz naczelnik urzędu celnego są terenowymi organami administracji rządowej niezespolonej.

Izba Celna w Krakowie oraz podległe jej urzędy celne powstały w oparciu o rozporządzenie MF z dnia 23 października 2009 r. w sprawie utworzenia izb celnych i urzędów celnych oraz określenia ich siedzib (Dz. U. 2009 180.1404).

Izbom celnym i urzędom celnym Minister Finansów na mocy zarządzenia nr 30 z dnia 29 października  2009 roku nadał statuty (Dz. U. MF Nr 13. poz. 72, Nr 16, poz. 86 oraz z roku 2010 Nr 15, poz. 63 )

Izba celna i urzędy celne działają w oparciu o regulaminy organizacyjne.

Dyrektorzy izb celnych wykonują zadania przy pomocy podległych urzędów oraz za pośrednictwem naczelników urzędów celnych.

Naczelnicy urzędów celnych wykonują zadania przy pomocy podległych urzędów celnych.