Muzeum powstało w 1911 roku z inicjatywy Towarzystwa Muzeum Etnograficznego. Rolę wyjątkową w gronie założycieli pełnił Seweryn Udziela nauczyciel, a jednocześnie etnograf - amator.

Od pierwszych lat Muzeum gromadziło zbiory nie tylko z terenów etnicznie polskich (aczkolwiek ze zrozumiałych względów stanowią one trzon naszych kolekcji), posiadamy również wartościowe obiekty ilustrujące tradycyjną kulturę innych narodów Europy, głównie słowiańskich (ponad 20.000 eksponatów), a także liczące się kolekcje pozaeuropejskie (około 8.000 eksponatów).

Muzealia - najistotniejsza część kolekcji, to obecnie prawie 80.000 obiektów, których znakomita większość pochodzi z ziem etnicznie polskich, głównie z Małopolski. Na uwagę zasługują także kolekcje z Ukrainy, w tym zbiory huculskie. Około 8.000 eksponatów ilustruje kultury pozaeuropejskie.

Muzealia uzupełnia, liczący ponad 200.000 jednostek, zbiór archiwaliów - klisz szklanych, diapozytywów, rękopisów. Wśród archiwaliów ważną pozycję zajmuje włączony w ostatnim okresie zbiór po zlikwidowanej w 1997 roku Pracowni Badania Sztuki Ludowej PAN, prowadzonej przez szereg lat przez Prof. Romana Reinfussa.

Od początków istnienia Muzeum powstawała wreszcie specjalistyczna biblioteka licząca obecnie ok. 30.000 woluminów

Obecnie muzeum nosi nazwę Muzeum Etnograficzne im. Seweryna Udzieli w Krakowie i jest Instytucją Kultury wyodrębnioną pod względem prawnym i ekonimiczno-finansowym, której organizatorem jest Województwo Małopolskie.