W roku 1965 z inicjatywy Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków w Krakowie dr Hanny Pieńkowskiej, powstał projekt sieci parków etnograficznych województwa krakowskiego. Przewidywał on organizację wojewódzkiego parku etnograficznego w trzech oddziałach: w Nowym Sączu, Tarnowie i na Podhalu, a także siedem skansenów regionalnych m.in. w Wygiełzowie. W tym okresie zbliżały się do końca prace konserwatorskie w ruinach zamku lipowieckiego. Zaistniały więc warunki sprzyjające utworzeniu w sąsiedztwie ośrodka skansenowskiego.

            Budowę skansenu rozpoczęto w 1968 r. Zostały pozyskane i przeniesione na teren nowego skansenu dwa obiekty: dom miejski z Chrzanowa z 1804 r. oraz spichlerz z Kościelca z 1798 r. Po kilkunastomiesięcznym okresie penetracji terenu trafiły tu kolejne obiekty w tym okazała chałupa sołtysia z Przegini Duchownej z 1862 r., Z wyjątkowo bogatym, oryginalnym wyposażeniem wnętrza. W kolejnych latach pozyskiwano dalsze obiekty architektury drewnianej  chałupy, stodoły, spichlerze, chlewik, kuźnię i olejarnię, a także zabytkowy XVIII-wieczny kościół z Ryczowa. Oficjalne otwarcie i udostępnienie do zwiedzania pierwszych obiektów nastąpiło już w październiku 1973 r.

 Aktualna ekspozycja na obszarze 5,3 ha obejmuje 25 zabytkowych obiektów drewnianych oraz  małą architekturę (kapliczki, studnie, pasieki…), które zostały rozmieszczone w trzech sektorach: małomiasteczkowym, wiejskim, sakralnym oraz dworskim. Od chwili otwarcia do stycznia 2007 roku skansen wraz z Zamkiem Lipowiec stanowił oddział Muzeum w Chrzanowie. Muzeum – Nadwiślański Park Etnograficzny w Wygiełzowie i Zamek Lipowiec utworzone z dniem 01.01.2007r., powstało poprzez wydzielenie Skansenu i Zamku Lipowiec ze struktur Muzeum w Chrzanowie . Nowe Muzeum jest wspólną samorządową instytucją kultury , której organizatorami są Województwo Małopolskie i Gmina Chrzanów , a położoną na terenie Gminy Babice  Swym zasięgiem NPE obejmuje tereny zamieszkałe przez Krakowiaków Zachodnich, a więc obszar leżący po obu stronach Wisły na zachód od Krakowa.