Strukturę organizacyjną Muzeum tworzą:

1)    Działy:

a)    Sztuki wraz z filią – Ratusz Galeria Sztuki Dawnej;

b)    Historii wraz z filią – Izba Pamięci Armii Krajowej;

c)    Archeologii;

d)    Konserwacji;

e)    Administracji;

f)     Finansowy;

2)    Oddziały:

a)    Muzeum Etnograficzne wraz z filią – Zagroda Felicji Curyłowej w Zalipiu;

b)    Muzeum Zamek w Dębnie;

c)    Muzeum Dwór w Dołędze;

d)    Muzeum Wincentego Witosa w Wierzchosławicach;

e)    Muzeum Pamiątek po Janie Matejce „Koryznówka” w Nowym Wiśniczu;

3)    Kancelaria

4)    Stanowiska pracy:

a)      Główny Inwentaryzator

b)      Stanowisko ds. Informacji Naukowej;

c)      Stanowisko ds. Edukacji;

d)      Stanowisko ds. Promocji i Reklamy;