Dyrektorowi WUP podlegają bezpośrednio:
Główny księgowy WUP oraz Zespół Finansowy, Zespół Audytu, Zespół Kontroli, Zespół Organizacji i Zarządzania, Zespół Zarządzania Zasobami Ludzkimi i Zespoły Zamiejscowe WUP oraz Stanowisko Radcy Prawnego i Stanowisko ds. Systemu Zarządzania Procesowego.

Do zadań jednego z Wicedyrektorów WUP należy nadzór nad działalnością Zespołu Strategii Rynku Pracy, Zespołu Programów Rynku Pracy, Zespołu Programów Pomocy i Integracji Społecznej, Zespołu Programów Rozwoju Kadr Gospodarki, Zespołu Rozwoju Wykształcenia i Kompetencji, Zespołu Inicjatyw Oddolnych oraz Centrum Informacji i Planowania Kariery Zawodowej, zgodnie z wytycznymi i ustaleniami Dyrektora WUP. Wicedyrektor WUP ponosi wobec Dyrektora WUP odpowiedzialność za działania realizowane w ramach powierzonych zadań.

Do zadań drugiego z Wicedyrektorów WUP należy nadzór nad działalnością Zespołu Promocji, Konkursów i Naboru Projektów, Zespołu Projektowego oraz Zespołu Obsługi Instytucji Rynku Pracy, zgodnie z wytycznymi i ustaleniami Dyrektora WUP. Wicedyrektor WUP ponosi wobec Dyrektora WUP odpowiedzialność za działania realizowane w ramach powierzonych zadań.

Zespołami kierują kierownicy według zasady jednoosobowego kierownictwa i odpowiedzialności za wyniki pracy. Kierownicy odpowiadają za realizację zadań kierowanych przez nich zespołów oraz referatów i samodzielnych stanowisk wyodrębnionych w ramach tych zespołów. Zakres uprawnień powierzonych poszczególnym kierownikom określa odrębne Zarządzenie Dyrektora WUP.

W skład Wojewódzkiego Urzędu Pracy w Krakowie wchodzą następujące Zespoły: 

1. Zespół Strategii Rynku Pracy
2. Zespól Promocji Konkursów i Naboru Projektów
    - Referat Oceny Projektów
3. Zespół Projektowy
4. Zespół Programów Rynku Pracy
5. Zespół Programów Pomocy i Integracji Społecznej
6. Zespół Programów Rozwoju Kadr Gospodarki
7. Zespół Programów Rozwoju Wykształcenia i Kompetencji
8. Zespół Programów Inicjatyw Oddolnych
9. Centrum Informacji i Planowania Kariery Zawodowej
10. Zespół Obsługi Instytucji Rynku Pracy
11. Zespół Funduszu Gwarantowanych Świadczeń Pracowniczych
12. Zespół Finansowy
13. Zespół Organizacji i Zarządzania
     − Referat Administracyjny
     − Referat Kancelarii
     − Referat Informatyki
     − Stanowisko ds. Obsługi Prawnej  
     − Stanowisko ds. Zamówień Publicznych
     − Stanowisko Administratora Bezpieczeństwa Informacji
14. Zespół Zarządzania Zasobami Ludzkimi
    − Referat Kadr i Płac
15. Zespół Audytu i Kontroli Wewnętrznej
     − Stanowisko ds. Kontroli Wewnętrznej
16. Zespół Kontroli
     − Referat Kontroli Projektów w Priorytetach VI i VII POKL
     − Referat Kontroli Projektów w Priorytetach VIII i IX POKL
17. Zespół Zamiejscowy WUP w Nowym Sączu
18. Zespół Zamiejscowy WUP w Tarnowie
     − Stanowisko ds. Zintegrowanego Systemu Zarządzania
19. Stanowisko Radcy Prawnego

Niektóre zadania WUP realizowane są przez Zespoły Zadaniowe powoływane Zarządzeniami Dyrektora WUP, w szczególności w formie projektów.

Aktualnie WUP realizuje następujące projekty:

1. Doskonalenie zawodowe nauczycieli w dziedzinie wykorzystania technologii informacyjnej;
2. Holownik - nowa usługa aktywizacji zawodowej;
3. Konserwator - program aktywizacji zawodowej osób pozostających bez zatrudnienia;
4. Małopolskie Obserwatorium Rynku Pracy i Edukacji;
5. Małopolskie partnerstwo instytucji w obszarze rynku pracy, edukacji i szkoleń;
6. Partnerstwo na rzecz świadczenia usług dla inwestorów pozyskujących kadry oraz usług outplacementowych;
7. Partnerstwo na transgranicznym rynku pracy;
8. Wsparcie dla rozwoju publicznych służb zatrudnienia w Małopolsce.

Szczegółowy zakres zadań Zespołów znajduje się w Regulaminie Organizacyjnym WUP