Krakowski Szpital Specjalistyczny im. Jana Pawła II w Krakowie podlega wpisowi do Krajowego Rejestru Sądowego prowadzonego przez Sąd Rejonowy dla Krakowa-Śródmieścia XI Wydział Gospodarczy Krajowego Rejestru Sądowego i jest zarejestrowany pod numerem KRS 0000046052.

Krakowski Szpital Specjalistyczny im. Jana Pawła II w Krakowie podlega wpisowi do rejestru zakładów opieki zdrowotnej prowadzonego przez Wojewodę Małopolskiego i jest zarejestrowany pod numerem 000000005598. Szpital figuruje w Krajowym Rejestrze Urzędowym Podmiotów Gospodarki Narodowej i posiada numer identyfikacyjny REGON 000290073. Rodzaj prowadzonej działalności:

• wg PKD 2007 (Polskiej Klasyfikacji Działalności) - 8610Z DZIAŁALNOŚC SZPITALI
• wg PKD 2004 (Polskiej Klasyfikacji Działalności) - 8511Z SZPITALNICTWO

Szpital posiada decyzję w sprawie nadania numeru identyfikacji podatkowej (NIP-4) 677-16-94-570. Szpital jest również zarejestrowany jako podatnik VAT UE.

Szpital jako osoba prawna posiada ubezpieczenie odpowiedzialności cywilnej w Powszechnym Zakładzie Ubezpieczeń S.A. W Krakowskim Szpitalu Specjalistycznym im. Jana Pawła II w Krakowie prowadzona jest ewidencja:

• aktów wewnętrznych wydawanych przez Dyrektora Szpitala - ewidencję prowadzi Dział Organizacji
• rejestr umów zawartych przez Szpital - rejestr prowadzi Dział Organizacji, natomiast umowy zawarte w wyniku postępowań o udzielenie zamówienia publicznego udostępniają:
  • mgr inż. Paweł Szkodny - Kierownik Działu Inżynierii Klinicznej
  • mgr inż. Tadeusz Szumiec - Kierownik Działu Technicznego
  • mgr inż. Zbigniew Celebański - Kierownik Działu Głównego Energetyka
  • mgr Janina Pawłowska - Kierownik Apteki Szpitalnej
  • mgr inż. Małgorzata Rusin - Kierownik Zespołu Technologii Informatycznych i Telemedycznych
  • mgr Jolanta Skwarło - Kierownik Działu Gospodarczego
  • mgr Dorota Zdebska - Kierownik Działu Żywienia
  • Elżbieta Kołodziej - Kierownik Serwisu Gastronomicznego
• rejestr skarg i wniosków - rejestr ogólnoszpitalny prowadzony przez Kancelarię Dyrektora Szpitala. Również w jednostkach działalności medycznej prowadzone są odrębne rejestry skarg i wniosków (w wersji nieelektronicznej).