- I Oddział Chorób Płuc
- II Oddział Chorób Płuc
- Oddział Chemioterapii
- Oddział Kliniczny Chirurgii Klatki Piersiowej
- Oddział Chorób Infekcyjnych Dzieci i Hepatologii Dziecięcej
- Oddział Neuroinfekcji i Neurologii Dziecięcej
- Oddział Wirusowego Zapalenia Wątroby i Hepatologii
- Oddział Kliniczny Chirurgii Serca, Naczyń i Transplantologii
- Oddział Kliniczny Chorób Serca i Naczyń
- Oddział Kliniczny Choroby Wieńcowej
- Oddział Kliniczny Elektrokardiologii
- Oddział Anestezjologii i Intensywnej Terapii
- Oddział Anestezjologii i Intensywnej Terapii Pulmonologicznej
- Centralna Izba Przyjęć
- Centrum Interwencyjnego Leczenia Chorób Serca i Naczyń z Pododdziałem Kardiologii Interwencyjnej
- Ośrodek Diagnostyki, Prewencji i Telemedycyny z Pododdziałem Szybkiej Diagnostyki w ramach którego działają:
- Pracownia Diagnostyki Obrazowej
- Pracownia Tomografii Komputerowej
- Pracownia Rezonansu Magnetycznego
- Pracownia Radiologiczna
- Pracownia Bronchoskopii i Gastroskopii
- Pracownia Medycyny Nuklearnej
- Pracownia Ultrasonografii Biopsyjnej
- Pracownia Badań Czynnościowych Układu Oddechowego
- Pracownia Badań Nieinwazyjnych Układu Krążenia
- Pracownia Badań Czynnościowych Chorób Układu Krążenia
- Pracownia Rehabilitacji i Promocji Zdrowia
- Centrum Wczesnej Diagnostyki i Terapii
- Konsultacyjna Przychodnia Specjalistyczna Kardiologiczna i Kardiochirurgiczna w ramach której działają:
- Poradnia Kardiologiczna
- Poradnia Kardiochirurgiczna
- Poradnia Elektrokardiologiczna
- Poradnia Transplantacji
- Poradnia Chorób Wewnętrznych
- Poradnia Wad Serca
- Poradnia Nadciśnienia Tętniczego
- Poradnia Chorób Naczyń
- Poradnia Chirurgii Naczyniowej
- Poradnia Rehabilitacji
- Konsultacyjna Przychodnia Specjalistyczna Chorób Płuc w ramach której działają:
- Gabinet pulmonologiczny nr 1
- Gabinet pulmonologiczny nr 2
- Gabinet chirurgii klatki piersiowej
- Gabinet alergologiczny
- Gabinet onkologiczny
- Wojewódzkie Centrum Diagnostyki i Tarapii Wirusowych Zapaleń Wątroby i Hepatologii z Pododdziałem Wirusowego Zapalenia Wątroby i Hepatologii
- Wojewódzka Przychodnia Chorób Infekcyjnych Dzieci, w ramach której działają:
- Poradnia Neuroinfekcji Dzieci
- Poradnia Chorób Infekcyjnych i Pasożytniczych Dzieci
- Poradnia Hepatologiczna Dzieci
- Wojewódzka Poradnia Szczepień Ochronnych
- Poradnia Neurologiczna dla Dzieci i Leczenia Padaczki
- Wojewódzki Ośrodek Domowego Leczenia Tlenem, w ramach którego działa Ośrodek Aerozoloterapii
- Osrodek Rehabilitacji, w ramach którego działają:
- Podzoddział Rehabilitacji
- Ośrodek Rehabilitacji Dziennej dla Dorosłych
- Ośrodek Rehabilitacji Dziennej dla Dzieci
- Poradnia Rehabilitacji i Promocji Zdrowia
- Pracownia Fizjoterapii
- Pracownia Fizykoterapii
- Pracownia Kinezyterapii
- Pracownia Hydroterapii
- Pracownia Krioterapii
- Pracownia Masażu Leczniczego
- Gabinet Logopedyczny
- Gabinet Psychologiczny i Psychiatryczny
- Ośrodek Nowoczesnej Diagnostyki Laboratoryjnej, w ramach którego działają:
- Laboratorium Analityczne
- Pracownia Mikrobiologii
- Pracownia Biologii Molekularnej
- Pracownia Konserwacji Tkanek
- Zakład Patomorfologii z Pracownią Histopatologii i Pracownią Patomorfologii Makroskopowej
- Małopolskie Centralnej Laboratorium Diagnostyki Prątka Gruźlicy
- Dział Transfuzjologii Szpitalnej
- Centralna Sterylizacja
- Gabinet Lekarza Zakładowego
- Apteka Szpitalna
- Dział Inżynierii Klinicznej
- Zespół Technologii Informatycznych i Telemedycznych, w ramach którego działają:
- Dział Systemów i Aplikacji
- Dział Sieci i Infrastruktury
- Sekcja Wsparcia Użytkowników
- Sekcja Nowych Technologii Informatycznych w Medycycnie
- Sekcja ds. Budżetu, Administracji i Telefonii
