Szpital Specjalistyczny im. J. Śniadeckiego w Nowym Sączu figuruje w:
1) Krajowym Rejestrze Sadowym prowadzonym przez Sąd Rejonowy dla Krakowa Śródmieścia w Krakowie XII Wydział Gospodarczy pod numerem 0000029409
2) rejestrze, o którym mowa w art. 100 ustawy z dnia 15 kwietnia 2011 roku o działalności leczniczej (Dz. U. Nr 112, poz. 654) pod numerem Księgi 12-00504.

W Szpitalu Specjalistycznym im. J. Śniadeckiego w Nowym Sączu prowadzona jest dokumentacja medyczna zbiorcza w formie ksiąg przewidzianych w rozporządzeniu Ministra Zdrowia  z dnia 21 grudnia 2010 roku w sprawie rodzajów i zakresu dokumentacji medycznej oraz sposobu jej przetwarzania (Dz. U. Nr 252, poz. 1697).

Ponadto w Szpitalu prowadzone są m. in. następujące rejestry i ewidencje:
1) Rejestr zarządzeń Dyrektora,
2) Rejestr uchwał Rady Społecznej,
3) Rejestr skarg,
4) Rejestr zawartych umów,
5) Rejestr postępowań o udzielenie zamówień publicznych,
6) Rejestr zakażeń zakładowych,
7) Rejestr pełnomocnictwa i upoważnień udzielonych przez Dyrektora,
8) Wykaz prac wykonywanych w szczególnych warunkach i szczególnym charakterze,
9) Rejestr wypadków przy pracy,
10) Rejestr wypadków w drodze do pracy i z pracy,
11) Rejestr chorób zawodowych,
12) Rejestr podejrzeń o choroby zawodowe,
13) Rejestr szkoleń wstępnych,
14) Rejestr szkoleń okresowych,
15) Rejestr wyników badań i podmiotów czynników szkodliwych dla zdrowia na stanowiskach pracy.