Szpital Specjalistyczny im. J. Śniadeckiego w Nowym Sączu jest następcą prawnym i kontynuatorem działalności leczniczej Wojewódzkiego Szpitala Zespolonego, który został utworzony przez b. Wojewodę Nowosądeckiego w listopadzie 1975 r. Historia Szpitala zlokalizowanego w obecnym miejscu sięga początku XX wieku, kiedy to ówczesne władze powiatowe podjęły decyzje o budowie nowej lecznicy dla Sądeczan. W ponad stuletniej historii obiekt szpitala poddawany był licznym rozbudowom i modernizacjom. W latach trzydziestych wzniesiono odrębny pawilon przeznaczony na oddział zakaźny. Po II Wojnie Światowej lecznica liczyła ponad 200 łóżek. Następnie dobudowano do pierwotnej bryły budynku tzw. część chirurgiczną. Ostatnie duże inwestycje – to wzniesiony w latach dziewięćdziesiątych Pawilon Ginekologiczno-Położniczy, adaptacja dotychczasowego budynku oddziału chorób zakaźnych na oddział psychiatryczny (uruchomiony w 2005 roku), przemieszczenie oddziału zakaźnego do Dąbrowy a stamtąd pulmonologii do budynku głównego na miejsce laryngologii, termomodernizacja oraz budowa nowego obiektu dla potrzeb Szpitalnego Oddziału Ratunkowego. W roku 2008 oddano do użytku nowe pomieszczenia dla Oddziału Anestezjologii i Intensywnej Terapii a w październiku tego roku rozpoczęto remont zaplecza operacyjnego.

W latach 1975 – 1998 organem założycielskim Zakładu był Wojewoda Nowosądecki. Do roku 1991 podstawowymi aktami prawnymi regulującymi funkcjonowanie zakładów służby zdrowia było rozporządzenie Prezydenta Rzeczypospolitej z dnia 22 marca 1928 roku o zakładach leczniczych oraz ustawa z dnia 28 października 1948 roku o zakładach społecznych służby zdrowia i planowej gospodarce w służbie zdrowia.

Od 1992 roku Zakład funkcjonuje na mocy ustawy z dnia 30 sierpnia 1991 roku o zakładach opieki zdrowotnej (DzURP z 2007 r. Nr 14, poz. 89 z późn. zm.). Do 31 grudnia 1998 r. gospodarkę finansową prowadził w formie jednostki budżetowej w oparciu o przepisy prawa budżetowego. Na podstawie przepisów ustawy z dnia 20 czerwca 1997 roku o zmianie ustawy o zakładach opieki zdrowotnej oraz zmianie niektórych ustaw (DzURP Nr 104, poz. 661) Wojewódzki Szpital Zespolony został przekształcony przez Wojewodę Nowosądeckiego w jednostkę samodzielną i wpisany do rejestru publicznych zakładów opieki zdrowotnej prowadzonego przez Sąd Rejonowy, uzyskując – z dniem 1 stycznia 1999 r.- status jednostki wyposażonej w osobowość prawną. Z tym też dniem w odniesieniu do gospodarowania środkami finansowymi Zakład rozpoczął stosować odpowiednie przepisy ustawy o zakładach opieki zdrowotnej. Na przestrzeni lat 1992 – 2008 przepis ten doczekał się kilkudziesięciu nowelizacji. W roku 2005 zakład przyjął obecną nazwę, w miejsce używanego dotąd miana „samodzielny publiczny zakład opieki zdrowotnej”.

W omawianym okresie Parlament przyjął i uchwalił szereg ustaw, które wpłynęły na kształt organizacyjny zakładów opieki zdrowotnej oraz koszty ich funkcjonowania.

W latach 1997 – 2000 Szpital stopniowo ulegał procesowi „rozzespolenia” struktur powstałych w połowie lat 70-tych. Najpierw przekazano Miejskiej Strefie Usług Publicznych większość z kilkudziesięciu ośrodków zdrowia oraz funkcjonujące w mieście przychodnie rejonowe. Następnie wydzielono jako odrębny zakład Pogotowie Ratunkowe. Ośrodek Medycyny Pracy w Nowym Sączu został przejęty przez placówkę krakowską utworzoną dla całego województwa małopolskiego. Specjalistyczną Przychodnię Stomatologiczną oddano podmiotowi prywatnemu. Utrata przez Nowy Sącz statusu miasta wojewódzkiego pociągnęła za sobą likwidację innych struktur wojewódzkich, w tym m.in. Wojewódzkiej Przychodni Sportowo-Lekarskiej w Zakopanem i Wojewódzkiej Przychodni Matki i Dziecka.

Na mocy ustawy z dnia 22 sierpnia 1997 roku o publicznej służbie krwi (Dz. U. Nr 106, poz. 681 z późn. zm.) ze struktur szpitali zostały wyłączone punkty krwiodawstwa. Na ich bazie zorganizowano wojewódzkie centra krwiodawstwa i krwiolecznictwa, których głównym zadaniem stało prowadzenie gospodarki krwią i jej składnikami. Jednostki te od 1 stycznia 1999 roku rozpoczęły odpłatnie zaopatrywać szpitale w krew.

Istotnym aktem prawnym dla szpitali włączonych do systemu ratownictwa medycznego stała się ustawa z dnia 25 lipca 2001 roku o Państwowym Ratownictwie Medycznym (DzURP Nr 113, poz. 1207 z późn. zm.), pięć lat później zastąpiona ustawą z dnia 8 września 2006 roku (DzURP Nr 191, poz. 1410 z późn. zm.). Wykonanie przepisów tej ustawy oznaczało dla zakładu utworzenie szpitalnego oddziału ratunkowego stanowiącego jednostkę systemu. W marcu 2003 roku Wojewoda Małopolski włączył do systemu Państwowego Ratownictwa Medycznego oddział sądecki, pomimo iż nie spełniał on wielu wymogów technicznych i formalnych określonych przez Ministra Zdrowia. Obecne pomieszczenia SOR odpowiadają normom określonym przez Ministra Zdrowia.

Równolegle zakończono prace nad ustawą z dnia 27 lipca 2001 roku o diagnostyce laboratoryjnej (Dz. U. Nr 100, poz. 1083 z późn. zm.), której celem było uporządkowanie spraw związanych z zasadami i warunkami wykonywania czynności diagnostyki laboratoryjnej w medycznym laboratorium diagnostycznym oraz zasad wykonywania zawodu diagnosty laboratoryjnego. W efekcie instytucje medyczne musiały dostosować się do unormowań w niej zawartych. W roku 2004 wszystkie pracownie zostały zgłoszone do w ewidencji prowadzonej przez Krajową Izbę Diagnostów Laboratoryjnych.

Analogiczną rolę w odniesieniu do pracowni udzielających świadczeń z zakresu diagnostyki obrazowej odegrały przepisy ustawy z dnia 29 listopada 2000 roku - Prawo atomowe (DzURP z 2007 roku Nr 42, poz. 276 z późn. zm.).

Personel medyczny udzielający świadczeń zdrowotnych w imieniu zakładu zobligowany jest nadto do przestrzegania ustaw regulujących zasady wykonywania danego zawodu. W odniesieniu do lekarzy jest to ustawa z dnia 5 grudnia 1996 roku o zawodach lekarza i lekarza dentysty (DzURP z 2008 r. Nr 136, poz. 857 z późn. zm.) natomiast personel pielęgniarsko-położniczy podlega regulacjom zawartym w ustawie z dnia 5 lipca 1996 roku o zawodach pielęgniarki i położnej (DzURP z 2001 r. Nr 57, poz. 602 z późn. zm.).

Kwestie sposobu finansowania działalności szpitali ze środków powszechnego ubezpieczenia zdrowotnego w latach 1999- 2008 regulowało już kilka ustaw, od czterech lat jest nią ustawa z dnia 27 sierpnia 2004 roku o świadczeniach opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych (DzURP z 2008 r. Nr 164, poz. 1027).

W związku z uchwaloną przez Parlament RP ustawą z dnia 15 kwietnia 2011 roku o działalności leczniczej (dz. U. Nr 112, poz. 654) Szpital znajduje się w fazie dostosowywania posiadane dokumentów do nowej ustawy.