Szczegółową strukturę organizacyjną Szpitala określa schemat organizacyjny
ustanowiony w formie załącznika do statutu, zgodnie z którym:

1. Dyrektorowi Szpitala podlegają bezpośrednio:
1) Zastępcy Dyrektora;
2) Kancelaria Tajna - Pełnomocnik ds. ochrony informacji niejawnych/Inspektor ds. obrony cywilnej;
3) Pielęgniarki Epidemiologiczne;
4) Audytor Wewnętrzny;
5) Zespół Radców Prawnych;
6) Kapelan Szpitala;
7) Koordynator pobierania i przeszczepiania komórek, tkanek i narządów;
8) Inspektor BHP;
9) Lekarz transfuzjolog;
10) Inspektor ochrony radiologicznej;
11) Inspektor P/poż;

2. Zastępcy Dyrektora do spraw lecznictwa podlegają:
1) Szpital z oddziałami szpitalnymi wymienionymi w schemacie organizacyjnym;
2) Dział Diagnostyki Obrazowej;
3) Medyczne Laboratorium Diagnostyczne;
4) Apteka Szpitalna;
5) Ambulatorium ogólne poz;
6) Zespół Poradni Specjalistycznych.

3. Zastępcy Dyrektora do spraw pielęgniarstwa - Naczelnej Pielęgniarce podlega personel pielęgniarek i położnych;

4. Zastępcy Dyrektora do spraw finansowych – Głównemu Księgowemu podlegają:
1) Dział Księgowości;
2) Dział Planowania i Analiz Ekonomicznych;

5.  Zastępcy Dyrektora do spraw personalnych podlegają:
     1) Dział Zatrudnienia i Płac;
     2) Dział Organizacji i Nadzoru;

6.  Zastępcy Dyrektora do spraw administracyjnych podlegają:
1) Dział Administracyjno-Techniczny;
2) Dział Sprzedaży;
3) Pełnomocnik ds. Zintegrowanego Systemu Zarządzania.

Ponadto w Szpitalu działa Rada Społeczna jako organ inicjujący i opiniodawczy Województwa Małopolskiego oraz organ doradczy Dyrektora Szpitala.