Prawne podstawy działania Urzędu Skarbowego regulują:

• ustawa z dnia 21 czerwca 1996 r. o urzędach i izbach skarbowych (Dz.U. Nr 106, z 1996 r. poz.489 ze zm.).
  
• rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 19 listopada 2003 r. w sprawie terytorialnego zasięgu działania oraz siedzib naczelników urzędów skarbowych i dyrektorów izb skarbowych (Dz.U. Nr 209, z 2003 r. poz. 2027 ze zm.).
  
• zarządzenie Nr 39 Ministra Finansów z dnia 21 września 2010r. w sprawie organizacji urzędów i izb skarbowych oraz nadania im statutów (Dz.Urz.Min.Fin. Nr 7, z 2006 r. poz.55 z późn. zm.)
  
• nadany przez Naczelnika Urzędu Skarbowego na podstawie powyższego zarządzenia regulamin organizacyjny Drugiego Urzędu Skarbowego Kraków