Z dniem 01.01.2004 r. do życia powołanych zostało 20 nowych urzędów skarbowych przewidzianych do obsługi wybranej kategorii podatników (przedsiębiorców) – tzw. wyspecjalizowane urzędy skarbowe. Ta wybrana kategoria podatników została określona w art. 5 ust. 9b w/c ustawy o urzędach i izbach skarbowych ( tekst jednolity z 2004r. Dz. U. Nr 121, poz. 1267 z późn. zm.). Jednym z tych urzędów jest Małopolski Urząd Skarbowy w Krakowie.

    W Małopolskim Urzędzie Skarbowym w Krakowie prowadzony był, we współpracy z ekspertami z Francji, eksperyment w ramach programu Phare 2003. Celem strategicznym tego eksperymentu było stymulowanie procesu wywiązywania się z obowiązku podatkowego przez podatników poprzez wypracowanie takiego modelu organizacyjnego, który podniósłby poziom obsługi podatników a jednocześnie ułatwił pracę wyspecjalizowanych urzędów skarbowych.
    Uczestnicy eksperymentu postawili przed sobą następujące cele:

• zapoznanie się ze strategiami stymulującymi proces wywiązywania się z obowiązku podatkowego we Francji,
• zapoznanie się ze strukturą organizacyjną i zakresem działania Dyrekcji ds. Dużych Przedsiębiorstw,
• zapoznanie się ze strukturą organizacyjną i zakresem działania Dyrekcji Kontroli Krajowych i Międzynarodowych,
• uzyskanie informacji na temat wpływu jaki wywierają przyjęte rozwiązania na poziom obsługi podatników,
• zapoznanie się z przyjętymi rozwiązaniami dotyczącymi sposobów powiadamiania podatników o strategiach  ułatwiających wywiązywanie się z obowiązku podatkowego.

    Dążąc do zrównoważenia funkcji usługowych i kontrolnych w Małopolskim Urzędzie Skarbowym w Krakowie oraz zapewnienia Podatnikom maksimum ułatwień w dobrowolnym, prawidłowym wypełnianiu obowiązków podatkowych, Urząd przeprowadził eksperyment polegający na wprowadzeniu nowatorskiego systemu obsługi Podatników Urzędu. Wspierani przez Ministerstwo Finansów, Izbę Skarbową w Krakowie i Kolegów z francuskiej administracji podatkowej w Urzędzie wdrożono od czerwca 2005r. system "Jednolitego Rozmówcy Podatkowego". Polega on na tym, że każdy z podatników pozostających we właściwości MUS jest obsługiwany kompleksowo (w zakresie wszystkich tytułów podatkowych) przez wyznaczonych imiennie pracowników Działu Podatków. Ułatwiło to Podatnikom kontakt z Urzędem, a co za tym idzie usprawniło załatwianie spraw gdyż nie są one już rozproszone w różnych komórkach organizacyjnych. Korzyścią takiego podejścia była możliwość lepszego i pełniejszego poznania naszych Podatników.
    
    Wychodząc naprzeciw oczekiwaniom Podatników zgłaszanych w codziennych kontaktach tutejszy Urząd jako praktykę przyjął organizowanie konferencji na których prezentowane są przez pracowników MUS prelekcje związane z bieżącymi sprawami podatkowymi takimi jak : aktualizacja danych rejestracyjnych, transakcjami wewnątrzwspólnotowymi, poprawnym wypełnianiem deklaracji podatkowych, eKontrolą oraz sposobach ubiegania się o zaświadczenia o niezaleganiu w podatkach. Został uruchomiony również dla Podatników rozbudowany serwis www, stanowiący nowoczesną platformę komunikacji pomiędzy Urzędem i Podatnikami. W coraz szerszym zakresie pracownicy wykorzystują nowoczesne narzędzia informatyczne na potrzeby prowadzonych przez Urząd kontroli podatkowych. Stosując specjalistyczne oprogramowanie analityczne skraca się czas trwania kontroli, dzięki czemu są one mniej absorbujące i uciążliwe dla podatników, a przy tym bardziej efektywne i skuteczne.

    Na szczeblu centralnym w ramach projektu „Podnoszenie poziomu jakości funkcjonowania jednostek administracji podatkowej”, współfinansowanego ze środków programu Transition Facility 2005, opracowano jednolity system zarządzania jakością, oparty na dotychczasowych doświadczeniach urzędów i izb skarbowych. System ten jest wdrażany we wszystkich jednostkach administracji podatkowej również w Małopolskim Urzędzie Skarbowym w Krakowie. Podstawowym narzędziem stanowiącym ramy opracowanego systemu jest podręcznik „System Zarządzania Jakością w administracji podatkowej”.