Zakres nadzoru Naczelnika Małopolskiego Urzędu Skarbowego w Krakowie, Zastępców Naczelnika i Głównego Księgowego.

Naczelnik Małopolskiego Urzędu Skarbowego	Pan mgr Andrzej Dobosz
I Zastępca Naczelnika Małopolskiego Urzędu Skarbowego	Pani mgr Elżbieta Polus-Gołąb
II Zastępca Naczelnika Małopolskiego Urzędu Skarbowego	Pan mgr Mirosław Zajda
Główny Księgowy Małopolskiego Urzędu Skarbowego	Pani mgr Agnieszka Zięć-Parwa

Naczelnik sprawuje ogólny nadzór nad zadaniami realizowanymi przez wszystkie komórki organizacyjne Urzędu oraz sprawuje służbowe zwierzchnictwo i nadzór nad pracą wszystkich pracowników Urzędu. Sprawuje bezpośredni nadzór nad następującymi komórkami organizacyjnymi:

1. Działem Organizacji i Logistyki,
2. Wieloosobowym Stanowiskiem Pracy ds. Analiz i Planowania,
3. Wieloosobowym Stanowiskiem Pracy ds. Informatyki,
4. Wieloosobowym Stanowiskiem Pracy ds. Obsługi Prawnej,
5. Jednoosobowym stanowiskiem Pracy ds. BHP.

I Zastępca Naczelnika sprawuje bezpośredni nadzór nad następującymi komórkami organizacyjnymi:

1. Działem Obsługi Bezpośredniej,
2. Samodzielnym Referatem Obsługi Bezpośredniej,
3. Działem Postępowań Podatkowych.

II Zastępca Naczelnika sprawuje bezpośredni nadzór nad następującymi komórkami organizacyjnymi:

1. Działem Kontroli Podatkowej,
2. Samodzielnym Referatem Egzekucji Administracyjnej,
3. Wieloosobowym Stanowiskiem Pracy ds. Karnych Skarbowych.

Główny Księgowy sprawuje bezpośredni nadzór nad następującymi komórkami organizacyjnymi:

1. Działem  Rachunkowości Podatkowej,
2. Samodzielnym Referatem Rachunkowości Budżetowej.