Organizacja Małopolskiego Urzędu Skarbowego została określona na podstawie Zarządzenia Nr 39 Ministra Finansów z dnia 21.09.2010 r. w sprawie organizacji  urzędów i izb skarbowych oraz nadania im statutów ( Dz.Urz.Min.Fin. Nr 9, poz 37) oraz zgody Dyrektora Izby Skarbowej

    Urzędem kieruje Naczelnik urzędu, który jest odpowiedzialny za  prawidłową i terminową realizację zadań urzędu. Naczelnik urzędu kieruje pracą urzędu przy pomocy zastępców naczelnika, głównego księgowego, kierowników komórek organizacyjnych i innych pracowników zatrudnionych na stanowiskach samodzielnych.

    Na podstawie szczególnych przepisów prawa w Urzędzie Skarbowym powierza się funkcje m.in.:

1. Pełnomocnika ds. Ochrony Informacji Niejawnych - OIN;
2. Administrator Bezpieczeństwa Informacji - ABI
3. Rzecznika Dyscyplinarnego - RD;
4. Koordynatora kontroli zarządczej - KZ;
5. Pełnomocnika ds. Zarządzania Jakością - PJ.

    Referaty nie będące komórkami wydzielonymi w ramach działu, funkcjonują jako samodzielne referaty. Wieloosobowe stanowiska pracy, jednoosobowe stanowiska pracy nie będące komórkami wydzielonymi w ramach działu lub referatu, funkcjonują jako komórki samodzielne.