Zgodnie z ustawą z dnia 21 czerwca 1996 r. o urzędach i izbach skarbowych (Dz. U. nr 121, poz. 1267 ze zm.) Naczelnik Urzędu Skarbowego jest organem administracji rządowej niezespolonej, podlegającym ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych i wykonującym zadania znajdujące się w zakresie właściwości określonej ustawowo. Naczelnik Urzędu Skarbowego jest organem podatkowym, niższego stopnia w stosunku do Dyrektora Izby Skarbowej. Naczelnik Urzędu Skarbowego wykonuje swoje zadania przy pomocy kierowanego przez siebie urzędu skarbowego.
Minister Finansów w drodze zarządzenia określa organizację urzędu skarbowego oraz nadaje mu statut.

    Z dniem 01.01.2004 r. do życia powołanych zostało 20 nowych urzędów skarbowych przewidzianych do obsługi wybranej kategorii podatników (przedsiębiorców) – tzw. wyspecjalizowane urzędy skarbowe. Ta wybrana kategoria podatników została określona w art. 5 ust. 9b w/c ustawy o urzędach i izbach skarbowych ( tekst jednolity z 2004r. Dz. U. Nr 121, poz. 1267 z późn. zm.). Zgodnie z zapisem art. 5 ust. 9b ustawy o urzędach i izbach skarbowych, wyspecjalizowane urzędy skarbowe obsługują następujące grupy podatników: 

• podatkowe grupy kapitałowe,
• banki,
• zakłady ubezpieczeń,
• jednostki działające na podstawie przepisów o publicznym obrocie papierami wartościowymi oraz przepisach o funduszach inwestycyjnych,
• jednostki działające na podstawie przepisów o organizacji i funkcjonowaniu funduszy emerytalnych,
• oddziały lub przedstawicielstwa przedsiębiorstw zagranicznych,
• osoby prawne lub jednostki organizacyjne nie posiadające osobowości prawnej, które:
  • w ostatnim roku podatkowym osiągnęły przychód netto, w rozumieniu przepisów o rachunkowości, ze sprzedaży towarów, wyrobów i usług o równowartości co najmniej 5 mln euro według kursu średniego ogłaszanego przez Narodowy Bank Polski na koniec roku podatkowego albo
  • jako rezydenci w rozumieniu przepisów prawa dewizowego, biorą udział bezpośrednio lub pośrednio w zarządzaniu przedsiębiorstwami położonymi za granicą lub w ich kontroli, albo posiadają udział w kapitale takich przedsiębiorstw albo
  • są zarządzane bezpośrednio lub pośrednio przez nierezydenta w rozumieniu przepisów prawa dewizowego lub nierezydent dysponuje co najmniej 5% głosów na zgromadzeniu wspólników albo na walnym zgromadzeniu, albo
  • jako rezydenci w rozumieniu przepisów prawa dewizowego jednocześnie bezpośrednio lub pośrednio biorą udział w zarządzaniu podmiotem krajowym i podmiotem zagranicznym w rozumieniu innych ustaw lub w jego kontroli albo posiadają jednocześnie udział w kapitale takich podmiotów.