Urząd Skarbowy Kraków-Nowa Huta jest organem niezespolonej administracji rządowej, podległym ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych w zakresie właściwości tego resortu. Urząd prowadzi gospodarkę finansową jako samodzielnie finansująca się jednostka budżetowa. Nadzór i kontrolę nad działalnością Urzędu  jako organu podatkowego i egzekucyjnego sprawuje Izba Skarbowa w Krakowie.