Organizacja Urzędu Skarbowego w Miechowie została określona Regulaminem Organizacyjnym Urzędu Skarbowego w Miechowie nadanym przez Naczelnika Urzędu na podstawie Zarządzenia Nr 39 Ministra Finansów z dnia 21 września 2010 r. w sprawie organizacji urzędów i izb skarbowych oraz nadania im statutów (Dz.Urz. Min.Fin.Nr 10, poz. 45 ).

Podstawowymi komórkami organizacyjnymi Urzędu Skarbowego w Miechowie są: jeden dział, samodzielne referaty oraz jednoosobowe i wieloosobowe stanowiska pracy.

Na czele Urzędu Skarbowego stoi Naczelnik wyłoniony w drodze  konkursu, powoływany i odwoływany z tej funkcji przez Ministra Finansów na wniosek Dyrektora Izby Skarbowej w Krakowie.
Kieruje on pracą Urzędu przy pomocy Głównego Księgowego i kierowników poszczególnych komórek organizacyjnych Urzędu.
Kierownicy poszczególnych komórek organizacyjnych oraz pracownicy zatrudnieni na stanowiskach samodzielnych, kierują pracami tych komórek na podstawie przyznanych uprawnień, w ramach kompetencji nadanych poszczególnym pionom organizacyjnym Urzędu Skarbowego.

Szczegółowe kompetencje przypisane do określonych funkcji, znajdujących się w strukturze organizacyjnej Urzędu Skarbowego, określa Regulamin Organizacyjny Urzędu Skarbowego w Miechowie.