Organizacja Urzędu Skarbowego w Nowym Sączu została określona Regulaminem Organizacyjnym Urzędu Skarbowego w Nowym Sączu nadanym przez Naczelnika Urzędu na podstawie Zarządzenia Nr 39 Ministra Finansów z dnia 21 września 2010 r. w sprawie organizacji urzędów i izb skarbowych oraz nadania im statutów (Dz. Urz. Min. Fin. Nr 10, poz. 45).

Urzędem Skarbowym kieruje Naczelnik wyłoniony w drodze konkursu, powoływany i odwoływany z tej funkcji przez Ministra Finansów na wniosek Dyrektora Izby Skarbowej w Krakowie.
Naczelnik Urzędu Skarbowego kieruje pracą Urzędu przy pomocy: zastępców naczelnika, głównego księgowego, kierowników komórek organizacyjnych.

Szczegółowe kompetencje przypisane do określonych funkcji, znajdujących się w strukturze organizacyjnej Urzędu Skarbowego, określa określa Regulamin Organizacyjny Urzędu Skarbowego w Nowym Sączu.