Zgodnie z ustawą z dnia 21 czerwca 1996 r. o urzędach i izbach skarbowych (t.j. Dz. U. z 2004 r. Nr 121, poz. 1267 ze zm.) Naczelnik Urzędu Skarbowego jest organem administracji rządowej niezespolonej, podlegającym ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych i wykonującym zadania znajdujące się w zakresie właściwości określonej ustawowo.

Naczelnik Urzędu Skarbowego jest organem podatkowym, niższego stopnia w stosunku do Dyrektora Izby Skarbowej.
Naczelnik Urzędu Skarbowego wykonuje swoje zadania przy pomocy kierowanego przez siebie urzędu skarbowego.

Minister Finansów w drodze zarządzenia określa organizację urzędu skarbowego oraz nadaje mu statut.