Wody powierzchniowe
Pod względem hydrograficznym teren województwa małopolskiego prawie w całości należy do dorzecza górnej Wisły (zlewisko Bałtyku) oraz w niewielkim stopniu do dorzecza Czarnej Orawy (zlewisko Morza Czarnego).
Wody powierzchniowe województwa to sieć rzeczna, na którą w pierwszym rzędzie składają się prawobrzeżne karpackie dopływy Wisły tj. Soła, Skawa, Raba, Dunajec, Poprad i Biała odwadniające obszar Beskidów i Pogórza. Są to na znacznej długości rzeki górskie i na ogół bardzo wąskie. Natomiast lewobrzeżne dopływy Wisły takie jak Dłubnia, Szreniawa, Rudawa, w mniejszym udziale Przemsza i Nidzica odwadniają głównie obszary wyżyn (północną część województwa). Ze względu na asymetrię hydrograficzną województwa większa ilość wód drenowana jest z południowej części województwa.
W porównaniu z innymi regionami Polski województwo małopolskie posiada dosyć bogate zasoby wód powierzchniowych, natomiast wody podziemne charakteryzują się zasobami niższymi od przeciętnych w skali krajowej.
Zasoby wodne rzeki i potoków Karpat są duże jednak nierównomiernie rozłożone w czasie, z częstymi zmianami stanów wody nawet w ciągu dnia. Rzeki Wyżyny Małopolskiej charakteryzują się przeciętnymi zasobami wodnymi, natomiast najmniejszymi zasobami odznaczają się zlewnie w Kotlinie Sandomierskiej.
Szacunkowe dane wskazują, że zasoby wód powierzchniowych województwa wynoszą 4916,5 m3/rok. Najzasobniejszy w wodę z dopływów Wisły jest Dunajec, następna Soła, a w dalszej kolejności Skawa i Raba.
Do zasobów wodnych można zaliczyć również pojemność użytkową zbiorników retencyjnych wynoszącą około 310,6 mln m3.

Wody podziemne
Województwo małopolskie wg szacunkowych obliczeń posiada zatwierdzone zasoby eksploatacyjne wód podziemnych w granicach 50 000 m3/h. Najbardziej zasobne w wodę są utwory triasu, jury górnej i kredy górnej. Pod względem rozprzestrzenienia utworów wodonośnych największe znaczenie mają zbiorniki czwartorzędowe, w mniejszym stopniu trzeciorzędowe.
Najbardziej zasobne części jednostek hydrogeologicznych tworzą główne zbiorniki wód podziemnych, na obszarze województwa zlokalizowano 24 GZWP (10 zbiorników w całości i 14 częściowo).

Złoża wód mineralnych
Południowa część województwa małopolskiego, stanowi najbogatszy region w Polsce pod względem ilości wystąpień i wykorzystania wód do celów balneologicznych oraz rozlewnictwa wód mineralnych. Wody uznane za lecznicze występują w 15 uzdrowiskach. Większość uzdrowisk i miejscowości uzdrowiskowych znajduje się w dolinie Popradu w tzw. centralnej strefie hydrochemicznej karpackich wód mineralnych. Występują tu wody typu szczaw. Solanki i wody siarczkowe występują w drugiej strefie, która obejmuje tereny Szczawnicy-Krościenka, Szczawy i Wysowej. Podobny typ wód występuje również w rejonie Krakowa: Kraków-Mateczny, Swoszowice.

Wody termalne
W części karpackiej województwa małopolskiego oprócz unikalnego w skali europejskiej zbiornika wód geotermalnych Podhala, występowanie wód geotermalnych ma charakter lokalny. W części północnej województwa w obrębie Niecki Miechowskiej, okolice Słomnik, Racławic największe znaczenie posiada kompleks cenomański i doggerski. Wody termalne tego kompleksu mają stosunkowo niskie temperatury, ale ich zbiorniki odznaczają się wysokimi wydajnościami i samowypływem wód o bardzo niskiej mineralizacji.
W obszarze zapadliska przedkarpackiego korzystne parametry geotermalne wód cenomańskich występują w rejonie Niepołomic, Bochni, Brzeska czy Rzezawy.